کلیه امور اجرایی هیأت امنا و کمیسیون دائمی از قبیل اعلام فراخوان و جمع آوری و دریافت تقاضای موضوعات قابل طرح در هیات امنا، از واحد های مختلف دانشگاه، هماهنگی جلسات و ارسال دعوت نامه ها و صورتجلسات، هماهنگی و ارتباط با هیات امنا مرکزی مستقر در وزارت علوم و اعضای هیات و... توسط دبیرخانه هیأت امنا انجام می شود. دبیر هیات امنا، رئیس دانشگاه می باشد و مسئول دبیرخانه توسط ریاست دانشگاه تعیین می شود و زیرنظر دبیر هیأت امنا فعالیت مینماید.