در سال ۱۳۶۶ نخستین گام به منظور ایجاد رشته مهندسی پزشکی با پروژه دست سیبرنتیکی و تاسیس آزمایشگاه مهندسی پزشکی در دانشکده مهندسی برق دانشگاه صنعتی امیرکبیر برداشته شد. این پروژه به سرپرستی دکتر هاشمیگلپایگانی، همکاری استادانی دیگر از دانشگاههای مختلف، دانشجویان مقاطع کارشناسی، ارشد و دکترا در سال ۱۳۶۸ موفق به دریافت جایزه اول جشنواره خوارزمی گردید. در ادامهی فعالیتهای آزمایشگاههای مهندسی پزشکی، توسعه پروژه دست سیبرنتیکی و پروژه شبکههای عصبی شروع گردید و در این ارتباط، بسیاری از دانشجویان مقاطع کارشناسی،کارشناسی ارشد و دکترا پروژههای خود را در این آزمایشگاه به انجام رسانیدند و مقالات زیادی از فعالیتهای آنان در داخل و خارج از کشور منتشر گردید. اولین دانشکده مهندسی پزشکی کشور در سال ۱۳۷۲ با سه گرایش بیوالکتریک، بیومکانیک و بیومتریال در مقاطع کارشناسی ارشد.بنیان نهاده شد. پذیرش دانشجو در مقطع کارشناسی مهندسی پزشکی از سال ۱۳۷۴ آغاز شد که برای اولین بار در سطح دانشگاه های دولتی انجام گرفت. در سال ۱۳۷۴ دوره کارشناسی بیوالکتریک، در سال۱۳۷۷ اولین دانشجویان دکترای مهندسی پزشکی در سه گرایش فوق، در سال ۱۳۸۱ کارشناسی بیومکانیک و بیومتریال، در سال ۱۳۸۳ کارشناسی ارشد مجازی مدیریت فن آوری اطلاعات پزشکی . و در سال ۱۳۸۷ کارشناسی ارشد مهندسی ورزش و مهندسی بافت در این دانشکده دایر گردید.